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在循環冷卻水系統中，無論是藻類、細菌還是真菌，它們的生長或繁殖都需要特定的生活條件。例如，需要碳源、氮源、磷源、一些無機離子、一些代謝產物（維生素、氨基酸）、能源和生命過程的溫度。只要切斷某些生存條件，這些微生物的生存和繁殖就會受到抑制，甚至死亡。然而，在循環冷卻水系統中，微生物的生存和繁殖條件都很好。因此，抑制這些微生物繁殖的最有效方法是添加殺菌劑。殺菌劑根據殺滅微生物的程度分為兩類。
（1） 微生物bit殺菌劑
這些是具有強烈殺傷作用的化學藥劑。它們能在短時間內產生各種生物效應，并能真正殺死相關微生物。一般來說，它們大多是強氧化劑，經常以沖擊方式添加到循環冷卻水系統中，通常毒性更大。
（2） 微生物抑制劑
這類藥物不能殺死循環冷卻水中的大量微生物，但可以阻止它們的繁殖，防止它們發展到系統故障的程度。這種藥劑的毒性比殺生物劑小。
根據殺生物劑的化學成分，它們可分為無機和有機殺生物劑。例如，氯、溴、二氧化氯、臭氧和次氯酸鈉是無機殺菌劑；氯酚、季銨鹽、氯胺和大蒜素是有機殺菌劑。根據殺菌劑的殺菌機理，一般可分為兩類：氧化型和非氧化型殺菌劑。例如，氯、次氯酸鈉、溴、臭氧和氯胺是氧化殺菌劑；季銨鹽和二硫代氰甲烷是非氧化殺菌劑。